La trama riprende fedelmente il filo narrativo della trilogia, con alcune licenze studiate personalmente dai due registi, (Andy Wachowski e Larry Wachowski). Ad esempio, il finale è stato modificato per dare senso alla rigiocabilità del gioco dopo averlo terminato.
Il gioco inizia con la scelta tra pillola rossa (si svela l'enigma di Matrix, con conseguente inizio alla "carriera" di Neo nel Mondo Reale) o pillola blu (cancellazione di alcuni ricordi sulla "non-realtà" di Matrix). Dopo questa scelta, Neo farà un sogno sulle sue possibilità di Eletto. Quindi, il gioco inizierà da dove inizia il film, ovvero negli uffici dove lavora Neo. In questo caso, è possibile scegliere due strade (farsi catturare, con la trama che prosegue con l'interrogratorio da parte di Smith, o raggiungere Trinity e fuggire con lei in moto). Per rendere più emozionante il gioco ed insegnare al giocatore i comandi base, l'addestramento di Neo (che nel film dura ore ma è sintetizzato in pochi secondi, con Neo semiaddormentato) viene vissuto in prima persona. Dopo questo tutorial, si ripercorrerà tutta la trama del film fino al raggiungimento (non mostrato) della città delle macchine, con battaglia finale di Neo contro l'esercito di Smith ed un nuovo finale completamente riscritto.