La storia si sviluppa circa dieci anni dopo gli eventi di Riven. Lo Straniero, l'enigmatico alleato di Atrus, arriva nella nuova dimora di Atrus e Catherine, un incantevole rifugio immerso nel deserto che Catherine ha battezzato Tomahna. In Uru: Ages Beyond Myst, si scopre che Tomahna è solo una piccola parte dell'Era di D'ni. Atrus ha invitato lo Straniero a Tomahna per presentargli la sua ultima creazione, un'Era chiamata Releeshahn, concepita per offrire una nuova speranza e una casa agli D'ni sopravvissuti.
Improvvisamente, un misterioso individuo irrompe nello studio di Atrus, appiccando il fuoco alla stanza e rubando il Libro di Releeshahn. Con una rapidità inquietante, l'intruso fugge utilizzando un libro di collegamento che aveva con sé. Questo libro lo conduce nell'Era di J'nanin, l'Era-scuola che Atrus aveva creato anni addietro con l'intento di insegnare ai suoi figli l'arte della scrittura degli D'ni.